首先是东北的玉米种植地区，受制于农业机械化和气候的影响，玉米秸秆无法直接还田腐解，玉米收割后直接进入了寒冷的冬季，这样的温度粉碎后的秸秆无法发生任何变化，所以会对第二年农作物的播种、出苗以及产量产生很大的影响。所以只能采取深翻还田的作业形式，避免影响农作物的生长。
其次是深翻还田秸秆可以导致土壤容重发生变化，在植物生长环境中，容重小的土地，表明土壤比较松散多空，更适合于植物的生长，而容重较大说明土壤发生了板结，这样的环境对作物生长有不良影响。深翻还田的过程中可以大大降低土壤容重，有利于后茬农作物的生长。
还有就是深翻还田秸秆可以增加提升土壤肥力，东北地区的黑土地土地肥沃，但是由于连年的耕作，已经出现了土壤退化的问题，有试验数据表明，通过深翻还田可以有效增加地下40厘米土壤有机质与氮含量，从而达到扰动土壤，改变土壤肥力，提高玉米产量的效果。
总体来看，玉米秸秆还田深翻的主要作用是通过针对20-40厘米的亚耕层进行土壤改良，可以有效改善耕层土壤的容重，并且对土壤中的含水量、有机质和速效养分的增加起到非常大的作用，有效促进农作物的生长。
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